Dom Mikołaja Kopernika zajmuje dwie gotyckie kamieniczki przy ul. Kopernika 15/17. W przeszłości należały one do krakowskiego kupca Mikołaja Kopernika, który przybył do Torunia około 1456r. i tu ożenił się, z pochodzącą z patrycjuszowskiej rodziny Barbarą Watzenrode, wchodząc w ten sposób do elity naszego miasta. Domy te są uważane za przypuszczalne miejsce narodzin Astronoma, bowiem do Mikołaja Kopernika (seniora), który był ławnikiem sądu Starego Miasta, należało kilka kamienic w tej części miasta. Niestety, w ciągu następnych wieków zatarła się pamięć, w której przyszedł na świat jego najmłodszy syn Mikołaj, przyszły astronom. Wśród historyków toruńskich, od prawie stu lat, trwa dyskusja na temat rzeczywistego miejsca jego urodzin. Początkowo typowano kamienicę przy ul. Kopernika 40. Oglądał ją Napoleon i Chopin, przez kilkadziesiąt lat była ona siedzibą niemieckiego Towarzystwa Coppernicus-Verein. Ostatnio, nie wykluczając domów zajmowanych przez Muzeum, przypuszcza się, że miejscem urodzin Mikołaja Kopernika była nieistniejąca już kamienica przy Rynku Staromiejskim 36. Kamienice należące do Muzeum, po przeprowadzonych pracach konserwatorskich, tworzą wspaniały kompleks gotycki, wyróżniający się nie tylko urodą ale również jednością stylistyczną. Umożliwiło to stworzenie muzeum epoki Kopernika, w którym odwiedzający je goście mogą zapoznać się z: życiem i dziełem Mikołaja Kopernika, z wnętrzami mieszczańskimi od XVI do XIXw. , z wyglądem średniowiecznego Torunia (makieta) oraz z piernikarstwem toruńskim