Początki Muzeum sięgają dnia 23 września 1857r., kiedy to Wydział Nauk Historycznych i Moralnych Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk podjął uchwałę o utworzeniu Muzeum Starożytności Polskich i Słowiańskich. W 1923r. zbiory archeologiczne tego muzeum połączono z podobnymi zbiorami b. Muzeum Prowincjonalnego w Poznaniu (Kaiser-Friedrich Museum), założonego przez Niemców w 1894r. Powstał wówczas odrębny Dział Przedhistoryczny Muzeum Wielkopolskiego z własną siedzibą. W 1945r., założono samodzielne Muzeum Prehistoryczne, przemianowane w 1950r. na Muzeum Archeologiczne. W 1967r. Muzeum uzyskało nową siedzibę w Pałacu Górków, zrekonstruowanym po zniszczeniach wojennych.