Jest częścią większego kompleksu klasztornego augustianów, ufundowanego przez Wacława II w 1285 r. Budowa kompleksu trwała do 1379 r. Kościół zbudowany pierwotnie w stylu gotyckim, spalony w trakcie wojen husyckich, w 1723 zniszczony przez uderzenie piorunem. Przebudowa projektu Dietzenhofera z lat 1727-1731 nadała mu obecny barokowo-gotycki wygląd. Na ołtarzu głównym znajdują się kopie obrazów Rubensa: "Męczeństwo św. Tomasza", "Św. Augustyn".