Centralne Muzeum Morskie przyjmuje za swoje posłannictwo ochronę dziedzictwa nautologicznego, poprzez gromadzenie i zabezpieczanie zabytków związanych z żeglugą, szkutnictwem, okrętownictwem, rybołówstwem oraz upowszechnia wiedzę o nich, a także o morskiej historii Polski i jej gospodarce. Muzeum przyjęło jako podstawowe zadanie dokumentowanie i popularyzowanie historii i współczesności polskiej gospodarki, techniki i kultury morskiej. Ze względu na nikłość zachowanych zbiorów historyczno-morskich, muzeum podjęło kilka inicjatyw, które zaowocowały unikatowymi kolekcjami. Przede wszystkim rozpoczęło pionierskie w Polsce systematyczne poszukiwania i badania podwodne w Bałtyku. Muzeum realizuje swoją misję poprzez prace badawcze, konserwację zabytków, organizację wystaw i uczestnictwo w stowarzyszeniach muzealniczych