Oddział Muzeum przy ul. Pomorskiej 2, mieszczący się w Domu Śląskim, został utworzony w 1981r. Jego podstawowym zadaniem jest opieka nad celami byłego aresztu podręcznego gestapo – miejscem kaźni wielu tysięcy Polaków i osób innych narodowości w czasie II wojny światowej. Cele te, zachowane do dzisiaj w pierwotnym kształcie, są świadectwem tragicznych dni okupacji niemieckiej. Najważniejsze wątki historii Krakowa tego okresu prezentowane są na wystawie stałej Kraków w latach 1939–1956. Pracownicy oddziału prowadzą od lat prace badawcze nad historią Krakowa okresu okupacji niemieckiej i czasów stalinowskich. Od kilku lat Muzeum współpracuje z Małopolskim Stowarzyszeniem Miłośników Historii Rawelin. Celem naszej współpracy jest popularyzacja historii Krakowa w czasie okupacji niemieckiej. W listopadzie 2006r. nasza współpraca zaowocowała otwarciem schronu przeciwlotniczego